AA-BIOTECMAR WORKSHOP: BIOTEC BIOINFORMATICS TOOLS AND APPLICATIONS
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On the 21st and 22nd of April 2022, experts and researchers participated in a two-day online international workshop organized by the Federal University of Rio de Janeiro (UFRJ) and the University of Brasilia (UnB), and coordinated by Professor Ricardo Kruger. The participants shared the latest findings in the field of bioinformatics with a focus on marine microbiomes and promoted learning processes of bioinformatics tools. Over the two days, the participants presented their research aims, findings and prospects.
The workshop was developed under the All-Atlantic Marine Biotechnology Initiative (AA-BIOTECMAR) Joint Pilot Action of the AANChOR project. The AA-BIOTECMAR Joint Pilot Action aims to foster collaborations across governments, academic, and private sectors in the field of Marine Biotechnology, while also creating mechanisms of technology transfer and promoting the development of new marine biotechnology companies at the Atlantic Ocean level.
The first day was opened by with Dr. Thulani P. Makhalanyane, Associate Professor in the Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology at the University of Pretoria, presenting his work on Southern Ocean microbiomes. Through the talk, Dr. Thulani discussed some of the bioinformatic approaches he uses and highlighted some of the key results revealed by applying some of the tools.
Dr. Georgios Papas, Professor at the University of Brasilia in the department of Cell Biology, was the second speaker and introduced the bioinformatics workflow systems applied to bacterial genomics, namely from the end-user perspective (biologist, non-programmer), and highlighted important technological resources. Within the same topic, Felipe Marques de Almeida (bioinformatician, pipeline developer), a member of Dr. Georgios’ research group, showed some bacterial genome assembly and annotation pipelines developed by the computational genomic group at UnB.
To end the first day of the workshop, Dr. Matt Olm, a postdoctoral researcher in Justin Sonnenburg’s lab at Stanford University, presented his work about genome-resolved population genomics and strain-level comparisons.
On the second day of the event, Dr. Diogo Tschoeke, Professor at the Biomedical Engineering Program – COPPE, at the Federal University of Rio de Janeiro, presented an introduction to Metagenomics and the methodology/ programs to access MAGs (Metagenome Assembled Genomes). Furthermore, he showed some examples and applications concerning this type of analysis.
Afterwards, Dr. Karthik Anantharaman, Dr. Patricia Tran, and Dr. Zhichao Zhou talked about using metagenomics to study microbial biogeochemical interactions and viruses. Dr. Karthik Anantharaman, Assistant Professor in the Department of Bacteriology at the University of Wisconsin-Madison, provided an introduction to their laboratory and its types of research. Patricia Tran and Zhichao Zhou talked about two specific bioinformatics tools that they have developed to help them understand microbial metabolism, biochemistry and viruses, primarily from metagenomic data.
The third session of the day and final talk of the event included a presentation by PhD Andrei Stecca Steindorff, a postdoctoral fellow at Join Genome Institute. Andrei focused his presentation on the topic of fungal and algal program science and tools.
The first day of the workshop was attended by 239 participants and the second day by 157 participants.
Click here to watch the first day of the workshop and here to watch the second day.
To find out more about the BIOTECMAR Joint Pilot Action, click here.
The next event of the AA-BIOTECMAR Joint Pilot Action will take place on June 27th and 28th, and will focus on aquaculture and act as a start-up accelerator. Stay tuned for more info in the upcoming weeks!
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WORKSHOP AA-BIOTECMAR: FERRAMENTAS E APLICAÇÕES DA BIOINFORMÁTICA BIOTECNOLÓGICA
Nos dias 21 e 22 de abril de 2022, especialistas e investigadores participaram de um workshop internacional online organizado pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e pela Universidade de Brasília (UnB), o qual foi coordenado pelo Professor Ricardo Kruger. Os participantes partilharam as últimas descobertas no campo da bioinformática com foco nos microbiomas marinhos, e promoveram processos de aprendizagem de ferramentas de bioinformática. Ao longo dos dois dias, os participantes apresentaram os seus objetivos, descobertas e perspectivas de investigação.
O workshop foi desenvolvido no âmbito da All-Atlantic Marine Biotechnology Initiative (AA-BIOTECMAR) Ação Piloto Conjunta do projeto AANChOR (All Atlantic Cooperation for Ocean Research and Innovation). A Ação Piloto Conjunta AA-BIOTECMAR visa fomentar a colaboração entre governos, setores acadêmicos e privados no campo da Biotecnologia Marinha, ao mesmo tempo que cria mecanismos de transferência de tecnologia e promove o desenvolvimento de novas empresas de biotecnologia marinha a nível do Oceano Atlântico.
O primeiro dia do evento começou com o Dr. Thulani P. Makhalanyane, Professor Associado do Departamento de Bioquímica, Genética e Microbiologia da Universidade de Pretória, o qual apresentou seu trabalho sobre microbiomas do Oceano Sul. O Dr. Thulani discutiu algumas das abordagens bioinformáticas que utiliza e destacou alguns dos principais resultados revelados através da aplicação de tais ferramentas.
O Dr. Georgios Papas, Professor da Universidade de Brasília no departamento de Biologia Celular, foi o segundo orador e apresentou os sistemas de fluxo de trabalho da bioinformática aplicados à genômica bacteriana, na perspectiva do utilizador final (biólogo, não programador), e nomeou recursos tecnológicos importantes. Dentro do mesmo tópico, Felipe Marques de Almeida (bioinformático, criador de pipelines), membro do grupo de investigação do Dr. Georgios, mostrou alguns pipelines de montagem e anotação de genoma bacteriano desenvolvidos pelo grupo genômico computacional da UnB.
Para terminar o primeiro dia do workshop, o Dr. Matt Olm, investigador pós-doutorando no laboratório de Justin Sonnenburg na Universidade de Stanford, apresentou o seu trabalho sobre genômica populacional resolvida com genoma e comparações a nível de estirpes.
No segundo dia do evento, o Dr. Diogo Tschoeke, Professor no Programa de Engenharia Biomédica – COPPE, na Universidade Federal do Rio de Janeiro, apresentou uma introdução à Metagenómica e à metodologia/ programas de acesso aos MAGs (Metagenome Assembled Genomes). Além disso, mostrou alguns exemplos e aplicações relativas a este tipo de análise.
Posteriormente, o Dr. Karthik Anantharaman, a Dra. Patricia Tran, e o Dr. Zhichao Zhou falaram sobre a utilização da metagenômica para estudar as interações biogeoquímicas microbianas e os vírus. O Dr. Karthik Anantharaman, Professor Assistente no Departamento de Bacteriologia da Universidade de Wisconsin-Madison, fez uma introdução sobre o seu laboratório e os seus tipos de investigação. Patricia Tran e Zhichao Zhou apresentaram duas ferramentas bioinformáticas específicas que desenvolveram para os ajudar a compreender o metabolismo microbiano, a bioquímica e os vírus, principalmente a partir de dados metagenômicos.
A terceira sessão do dia e palestra final do evento incluiu uma apresentação do Dr. Andrei Stecca Steindorff, um pós-doutorando do Join Genome Institute. Andrei focou a sua apresentação no tema da ciência e ferramentas do programa fúngico e algal.
O primeiro dia do workshop contou com 239 participantes e o segundo dia com 157 participantes.
Clique aqui para assistir ao primeiro dia do workshop e aqui para assistir ao segundo dia.
Para saber mais sobre a ação-piloto conjunta BIOTECMAR, clique aqui.
O próximo evento da Ação Piloto Conjunta AA-BIOTECMAR terá lugar nos dias 27 e 28 de junho. Com foco na aquicultura, a atividade atuará como um acelerador de startups.
Fique atento a mais informações nas próximas semanas no website da All-Atlantic Ocean Research Alliance!
